C'est en 1038 qu'apparaît la première mention de Versailles, dans une carte de l’abbaye Saint-Père de Chartres. Hugo de Versaillis est l’un des signataires. Au Xe siècle, des moines défrichent le terrain et fondent l’église prieuré de Saint-Julien.

En 1429, deux seigneurs, Guy et Pierre de Versailles, sont mêlés à la vie de Jeanne d’Arc. Pierre était à Bourges, quand on examina la Pucelle; quant à Guy, chanoine de Tours, il participa au procès de Jeanne d’Arc. À la fin de la guerre de Cent Ans, le petit bourg se présentait dans un triste état: ses maisons pillées et dévastées sont abandonnées, et le château est en ruine. C’est la famille de Soisy qui relève les bâtiments détruits, composés d’un corps de logis principal et d’une aile en retour, précédés d’un portail encadré de deux tourelles.

Le nom d’un petit bourg, Versaille-aux-bourg-de-Galie, apparaît dans un texte daté de 1472. Les seigneurs de Versailles relevaient directement du Roi. Leur modeste château dominant l’église et le village se dressait sur la pente méridionale de la butte sur laquelle sera construit le futur château.

En 1475, Gilles de Versailles, seigneur de Versailles, cède ses droits sur Trianon à l’abbé de Saint-Germain. L’acte de vente est la première mention de ce nom. Trianon était un village acheté puis détruit par Louis XI dans le but de construire sur ces nouvelles terres du domaine royal une maison à collationner. Cherchant à fuir en famille le protocole trop pesant de Paris, le roi était à Trianon plus proche des siens. Premier caprice royal de Versailles, Trianon, comme plus tard Marly, demeure un lieu de détente, loin de l’étiquette et des fatigues du pouvoir.

En 1561, le domaine est vendu à Martial de Loménie, secrétaire des finances de Charles IX, qui l’agrandit pour atteindre 150 hectares.

En 1572: le 24 août, Loménie est assassiné la nuit de la Saint-Barthélemy. L’Estoile rapporte dans ses Mémoires que la reine Catherine de Médicis « fit étrangler, dans l’intérêt du comte de Retz, pour lui faire avoir le château de Versailles, le secrétaire d’État Loménie, qui en était possesseur. » Ce crime n’est peut-être pas authentique, mais il n’est pas invraisemblable.

L'année suivante, Albert de Gondi (baron de Marly), comte de Retz, un des Florentins qui accompagnent Catherine de Médicis en France, devient propriétaire du château et de la seigneurie de Versailles en rachetant le domaine pour 35 000 livres.

En 1589, un mois avant qu’il ne devienne roi de France, le roi de Navarre séjourne à Versailles. Revenant de Blois, il s’y arrête du 7 au 9 juillet et est reçu par Albert de Gondi ; il y retourne en 1604 et 1609. Entre temps, en 1607, le dauphin, qui deviendra Louis XIII, fait sa première chasse à Versailles.

En 1616, Albert de Gondi cède la seigneurie à son fils Jean-François de Gondi.